經過十三年發展，深圳先進院目前已初步構建了以科研為主的集科研、教育、產業、資本為一體的微型協同創新生態系統，由九個研究平臺（中國科學院香港中文大學深圳先進集成技術研究所、生物醫學與健康工程研究所、先進計算與數字工程研究所、生物醫藥與技術研究所、廣州中國科學院先進技術研究所、腦認知與腦疾病研究所、合成生物學研究所（籌）、先進材料科學與工程研究所（籌）、前瞻性科學與技術中心），國科大深圳先進技術學院，多個特色產業育成基地（深圳龍華、平湖及上海嘉定）、多支產業發展基金、多個具有獨立法人資質的新型專業科研機構（深圳創新設計研究院、深圳北斗應用技術研究院、中科創客學院、濟寧中科先進技術研究院、天津中科先進技術研究院、珠海中科先進技術研究院、蘇州先進技術研究院、杭州先進技術研究院、武漢中科先進技術研究院、山東中科先進技術研究院）等組成。 

　　2018年，深圳先進院獲批牽頭建設深圳市兩大重大科技基礎設施：腦解析與腦模擬，合成生物研究；并正在全力籌建深港腦科學中心，合成生物學、先進電子材料等國際創新研究院；未來將在河套深港科技創新合作區布局建設“深港生物醫藥創新研究院”、“深港高端醫療設備創新中心”及“前瞻性國際化綜合性研發平臺”等創新平臺。2018年11月16日，深圳市人民政府與中國科學院在深簽署《合作共建中國科學院深圳理工大學協議書》，依托深圳先進院及中科院在粵科研力量建設中國科學院深圳理工大學（暫定名）。